Cztery razy w roku organizowane są różne turnieje, które mają za zadanie wyłonić najlepszego gracza, najlepszy tag team, czy też najlepszą grupę uczniów. W międzyczasie organizowane są pomniejsze zmagania, aczkolwiek Grand Tour, bo tak nazywają się te cztery turnieje, jest najważniejszy. Oto spis głównych i pomniejszych turniejów:

1. Duelist Kindgdom - turniej corocznie organizowany na prywatnej wyspie dyrektora szkoły - Maximilliona Pegasusa. Zmagania odbywają się tam na zasadzie walka o gwiazdki. Tzn, że gracze na starcie otrzymują określoną ilość gwiazdek i muszą zebrać ich 10, aby móc stoczyć pojedynek z obecnym mistrzem. Stawka jest różna, zależna od tego ile chce się wygrać. Niemniej jednak, musicie postawić równą ilość gwiazdek w puli. Zwycięzca zgarnia wszystko. Turniej ten organizowany jest w każdą Jesień.

2. Tag Force - turniej organizowany wewnątrz szkoły, a co za tym idzie, tylko uczniowie, nauczyciele i pracownicy szkoły mogą brać w nim udział. Uczestnicy składają się z drużyn dwuosobowych. Może być to każdy z każdym, nawet Obelisk ze Sliferem, czy też Ra z Nauczycielem. Wszystko zależne jest od tego, kogo za partnera będziesz chciał mieć. W tym turnieju, drużyny walczą o wstążki. Na start otrzymuje się ich 10. Trzeba mieć 50, aby dostać się do finału. Pierwsze 4 drużyny, które dostaną się do finału, walczą w eliminacjach tag teamowych. Turniej ten organizowany jest w każdą Zimę.

3. Battle City - najważniejszy turniej całego roku, na który przybywają gracze z całego świata. Pula oczywiście największa, można ufać tylko sobie. Pierwszy etap składa się z walk między graczami, którzy muszą zebrać tzw. 6 kart Lokacji. Karty te wskażą miejsce finałowe turnieju. Miejsc będzie tylko 8. W dodatku, po przegranej walce, gracz musi oddać dowolną kartę, którą zażyczy sobie przeciwnik. Turniej ten organizowany jest w każdą Wiosnę.

4. Duel Academy - ostatni z czterech wielkich turniejów. Jest to walka między Żółtymi Ra, Czerwonymi Sliferami i Niebieskimi Obeliskami. Drużyny mogą walczyć w pojedynkę, w tag teamach, a czasami nawet w trzy, cztero i pięcioosobowych grupach. Walka toczy się o dominacje w szkole, najlepsze pokoje w następnym roku, dueling points oraz rzadkie karty, a nawet milenijne przedmioty. Na bieżąco prowadzony jest ranking walk. Każda wygrana walka to +1 punkt dla danej grupy. Wygrywa grupa, która pod koniec zmagań będzie miała najwięcej punktów. Turniej ten organizowany jest w każde Lato.

Pomniejsze turnieje:
- Miss/Mister Tournament - turniej, w którym wybierani są Miss i Mister akademii. Organizowany jest raz na 1-2 miesiące.
- Academy Tag Tournament - turniej tag teamowy, w którym mogą brać udział razem tylko ci z tej samej grupy, np. Slifer + Slifer. Nauczyciele nie mogą walczyć. Organizowany jest w różnych odstępach czasowych.
- Egyptian Tournament - szkoła wybiera 8 reprezentantów, którzy będą walczyć z 8 reprezentantami Egipskiej Szkoły Pojedynków. Pojedynki odbywają się w systemie eliminacyjnym Egypt vs. Duel Academy. Jeśli któraś z drużyn zostaje pokonana przed finałem, automatycznie turniej wygrywa szkoła, która wyeliminowała przeciwnika. Przeważnie raz do roku, w okresie między turniejowym.
- Domino Mart Tournament - walki odbywają się w Domino City, a organizuje je sklep z kartami Domino Mart. W puli zwykle są paczki z kartami, ilość osób mogących wziąć udział jest ograniczona. Walki odbywają się w systemie walki w grupie, a potem eliminacji. Zwycięzca wygrywa 20 paczek kart dowolnego rodzaju (mogą być mieszane).